Existem vários métodos de limpeza de um cristal, aplicáveis a quase todas as pedras. Os mais utilizados são:
Água e sal grosso – coloque o cristal ou as pedras dentro de um recipiente de vidro (de preferência branco ou transparente), contendo água com sal grosso. Deixe por no mínimo três horas, ou pelo tempo que sua intuição determinar. Ao retirar, lave o cristal ou as pedras em água corrente.

Cachoeira, mar, rio – outra forma de limpar seu cristal ou as suas pedras de impurezas energéticas, é leva-lo a uma cachoeira, a um rio que não seja muito parado (e logicamente não poluído), ou ao mar. Nesses casos, tome bastante cuidado porque nesses elementos, os cristais ou as pedras podem querem voltar a seu meio e facilmente escapar de suas mãos.

Defumação – acenda o incenso de sua preferência e sopre bastante sobre o seu cristal ou suas pedras, defumando todas as suas faces e todas as suas áreas, pelo tempo que achar necessário.

Chuva – deixe seu cristal ou suas pedras sob a chuva forte. É um ótimo método de limpeza.
Choque térmico somado a Sol/Lua – em uma água bastante gelada, dê um breve banho em suas pedras e cristais. Algumas pedras, como a vassoura de bruxa e a pirita, soltam poeiras facilmente, portanto apenas dê “susto” nelas, molhando-as brevemente. Depois deixe tomando um banho de Sol e Lua por 24 horas.
Drusa (para limpeza de pedras pequenas) – coloque suas pedras pequenas sobre uma Drusa (aglomerado) de cristal de quartzo branco e deixe-as por bastante tempo, até achar que estão limpas e recarregadas. A Drusa por si só, por conter várias pontas de cristal, é auto limpante e auto energizante.

Sopro – mentalize luz branca, ou violeta, e sopre sobre seu cristal, com a clara intenção de limpa-lo e de tirar dele toda energia negativa. Inspire luz branca e/ou violeta e expire pela boca sobre o cristal.
Energização com as mãos – coloque seu cristal ou suas pedras entre as duas mãos e gire-os até esquentar, mentalizando passagem de energia de suas mãos para eles.

Energização na Terra (conexão com a natureza) – em meditação na natureza, coloque as pedras em volta, na Terra, pedindo a proteção da Mãe Terra e a energização dessas lindas partes dela, que são as pedras e cristais.

Selenita: O método mais prático, eficiente e rápido para limpar energeticamente qualquer tipo de cristais ou pedras, é usar um bastão natural de Selenita. Para isto, coloque sobre uma superfície lisa, um bastão de Selenita e na frente deste a pedra que esteja necessitando de limpeza. Deixe a pedra nessa posição por cerca de trinta segundos, e ela já estará limpas e energizadas. Este tipo de limpeza serve também para qualquer objeto e para ambientes.

Fontes:
LISANTY, Angélica. Oráculos dos Cristais – Leituras de Pedras. Editora Madras.
HALL, Judy. A Bíblia dos Cristais: O Guia Definitivo dos Cristais. Editora Pensamento.
SCHUMANN, Walter. Gemas do Mundo. Editora Ao Livro Técnico.
Sites: www.caminhandocomosol.com.br, www.mycrystalangel.com, www.lendaviva.com.br, www.cristaisaquarius.com.br, www.angelfire.com, www.pedramistica.com.br